Η ΔΑΕ αποτελεί επίπεδο Διοίκησης και υπάγεται κατευθείαν στο Γενικό Επιτελείο Αεροπορίας. Συγκεκριμένα η Διοίκηση αποτελείται από :
Τον Υποπτέραρχο Διοικητή και το Ειδικό Επιτελείο του.
Τον Ταξίαρχο Επιτελάρχη και τους Κλάδους με τις Διευθύνσεις, που τους απαρτίζουν και που αποτελούν το Συντονιστικό Επιτελείο.
Ο Α’ κλάδος με Διευθυντή Ταξίαρχο χειρίζεται θέματα Επιχειρήσεων, Ασκήσεων - Επιθεωρήσεων, εκπαίδευσης Αέρος - Εδάφους, Στρατιωτικών Σχολών και Κέντρων εκπαιδεύσεως, Σχολείων επιμόρφωσης - εξειδίκευσης, Τυποποίηση - Αξιολόγηση εκπαίδευσης καθώς και θέματα προσωπικού.
Ο Γ’ κλάδος με Διευθυντή Ταξίαρχο χειρίζεται θέματα Συντήρησης Αεροσκαφών και Μέσων, Οικονομικού, Τηλεπικοινωνιακών μέσων, Εφοδιασμού - Μεταφορών και Εγκαταστάσεων.