Το πρώτο Νοσοκομείο Αεροπορίας ιδρύθηκε το Σεπτέμβριο του 1942 στο Κάιρο της Αιγύπτου και στεγαζόταν σε μία πτέρυγα του Νοσοκομείου της Ελληνικής Κοινότητας στην Ambasia (Καΐρου).
Με τον επαναπατρισμό των Ελληνικών Ενόπλων Δυνάμεων τον Δεκέμβριο του 1944, το Νοσοκομείο μεταστεγάσθηκε στην Ιταλική Σχολή Καλογραιών, στην Κυψέλη Αθηνών, και άρχισε να λειτουργεί στις 24 Μαρτίου 1945 ως Γενικό Νοσοκομείο Ελληνικής Βασιλικής Αεροπορίας (ΓΝΕΒΑ), παρέχοντας περίθαλψη στο προσωπικό της Αεροπορίας.
Τον Φεβρουάριο του 1966 το ΓΝΕΒΑ μετονομάσθηκε σε 251 Γενικό Νοσοκομείο Αεροπορίας (251 ΓΝΑ) και δέκα χρόνια αργότερα άρχισε να λειτουργεί στην σημερινή του θέση με 130 και αργότερα με 378 κλίνες.
